Struktura
Euroregion PRO EUROPA VIADRINA jako organizacja transgraniczna nie posiada własnej osobowości prawnej i potrzebuje po każdej stronie granicy podmiotu, który figuruje jako osoba prawna.
Podmiotem Euroregiony PRO EUROPA VIADRINA po stronie niemieckiej jest stowarzyszenie Mittlere Oder e.V. z siedziba we Frankfurcie nad Odra a po stronie polskiej Stowarzyszenie Gmin Polskich Euroregionu „Pro Europa Viadrina“ z siedzibą w Gorzowie Wielkopolskim.
Obie organizacje funkcjonują jako stowarzyszenia użyteczności publicznej wg danego prawa narodowego. Na czele stowarzyszenia stoi przewodniczący i zarząd, a stowarzyszenie składa się z różnych członków. Prace i funkcjonowanie zapewniają biura stowarzyszeń, kierowane przez dyrektora biura.
Oby dwa stowarzyszenia współpracują ze sobą ściśle i intensywnie.
Obok wspólnych polsko-niemieckich posiedzeń zarządu odbywających się kilka razy w roku, regularnie odbywają się wspólne polsko-niemieckie spotkania członków, w których biorą udział wszyscy członkowie niemieckich i polskich stowarzyszeń. Ważne gremium robocze tworzy także wspólna euroregionalna polsko-niemiecka grupa robocza. Ponadto na bieżąco wyjaśnia i opracowuje się wszelkie działania pomiędzy biurami obu stowarzyszeń.